两者区别源于各自法律地位的不同，分公司不是独立法人，不能独立承担法律责任，子公司则是独立法人。因此，两者在企业所得税方面有如下区别：
一、企业所得税方面
1、子公司的处理
企业所得税是以法人为主体征收的税种，因此子公司是独立核算并独立纳税，是完全独立的企业所得税纳税人。
2、分公司的处理
分公司在税务处理上作为分支机构，适用总分机构的税收规定，可以汇总缴纳企业所得税， 分公司一般按总公司提供的汇总纳税企业分支机构所得税分配表的数据在分公司所在地申报交纳企业所得税。但分公司实行独立核算、不汇总纳税的，按照独立纳税人就地缴纳企业所得税。
3、特别规定：国税总局列名企业的下属二级分支机构，均就地申报企业所得税，但其税款由总机构统一汇总计算，并在总机构所在地缴纳。
二、增值税及其它税种，均遵循属地管理原则，在公司所在地就地申报缴纳。
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